1913年，宋教仁在上海被刺身亡，成为孙中山、袁世凯矛盾总爆发的导火索。
宋教仁之死，在某种意义上成为武昌起义后，南方革命党人与北洋派之间矛盾总爆发的一个分水岭，一时间，各地对北洋政府的不满情绪不断爆发出来，主张从速宣布袁世凯谋杀宋教仁的罪状、举兵北伐的意见占了上风。
袁世凯预计宋教仁遇刺一案会引发后续效应，因而反复发电报到上海，催促孙中山北上，希望当面向孙中山解释宋教仁案与自己无关。孙中山正为宋教仁案而动员各方反袁力量，因而，对袁世凯发来的电报一概不理。
1913年4月2日，袁世凯又发来电报“请速驾北上面商要件”，并在4月3日的《申报》上发表了这封电文。
为了与袁世凯周旋，孙中山这次终于给袁世凯回了电报，电文为：“此次之滞沪，全为办理宋案之故：因宋案之发生，一部之人士.激昂已达极点，刻正设法解释，并同各界力图维持，断不使因此事以危大局。在沪尚须匀留数日， 无论如何本月中旬，即当来京云。”
此后孙中山在给袁世凯的电报中,更对即将进行的总统选举直接表明态度：“选举总统办法，事属立法机构，文不敢妄参私见。”
事实上，孙中山与袁世凯都加紧了应对对方可能翻脸的准备，主要从军事和外交两方面着手。
4月26日，孙中山与黄兴在上海联名发岀公开通电，要求对宋案“严究主名”。这意味着国民党将对宋教仁案一追到底，等于向袁世凯正式摊牌。
袁世凯加紧了与世界强国借款的谈判，并于4月26日合计借款2500万英镑，称为中国善后借款，袁世凯获得借款后，政府面临的财政困难得到缓解，他感到与国民党的决战时刻到了。
5月21日，袁世凯传话：现在看透孙、黄除捣乱外无本领、 我受四万万人民托付，不能以四万万人之财产生命听人捣乱。自信政治军事经验、外交信用不下于人，若彼等能力代我.亦未尝不愿，但今日诚未敢多让，彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之。
1913年7月12日，李烈钧首先在江西湖口宣布独立，打响了被孙中山称为“第二次革命”的第一枪。7月22日，孙中山发表《告全体国民促令袁氏辞职宣言》《致参议院等通电》《致袁世凯电》。
至此，孙中山已向袁世凯正面宣战。
