1947年7月，国民党上将龙云的儿子龙绳祖在南京火车站被宪兵抓走，龙云四处求情但无人理会。白崇禧看不过出手相助，宪兵司令张镇这才下令放人。

龙云在抗战胜利后，按照军委会的指令，将滇军主力抽调一空，由卢汉指挥去越南受降。老蒋趁机让昆明防守司令杜聿明控制昆明，包围云南省府所在地五华山。在军事压力之下，龙云不得不飞往重庆，担任有名无实的军事参议院上将院长，结束了十几年的“云南王”生涯。

龙云到了重庆后，老蒋在接见时，假惺惺的说：“这都是杜光亭自作主张，我的指示本不是这样的。”

龙云即便清楚老蒋才是幕后主使，但人在屋檐下不得不低头，转而提出处理杜聿明，老蒋说：“这个是自然，杜光亭必须严惩。”

几天后，老蒋签发手令，称杜聿明在昆明举措失当，予以撤职。但紧接着，老蒋又宣布成立东北保安司令部，以杜聿明为司令长官。胡宗南在几个月前，被正式任命为第一战区长官，成为蒋军黄埔生中的第一个“长官”，被撤职的杜聿明，转眼也成了“长官”，在黄埔一期生中的地位一跃冲天。这番操作，把龙云气得够呛，但也只能是干生气。

老蒋对龙云表面优礼有加，实则极为提防。为了防止龙云东山再起，一方面，老蒋将在越南的滇军主力60军、93军调往东北，归杜聿明指挥，让卢汉接任云南省主席，先后以黄埔一期的关麟征、霍揆彰、何绍周为云南警备司令，对卢汉等原龙云旧部进行监视、制衡；另一方面，老蒋让军统特务头子戴笠，在龙云的住所周围部署明哨、暗哨日夜监视，军统大特务裴存藩被派去军事参议院任总务厅长，公开对龙云盯梢。

1946年3月，老蒋下令重庆的各部门迁往南京，龙云不愿去南京，提出去昆明休养，但遭到拒绝。龙云被特务“护送”到南京后，处境比以前更糟糕了，这里面的一个重要原因，是军统的头子换人了。

军统在云南的力量不小，龙云在抗战中，和军统的合作大于对抗，和戴笠的关系并不算差。龙云在重庆期间，戴笠对他表面还是很恭敬的，虽进行监视、盯梢，但多少还是留有面子的。龙云到南京时，戴笠已身死，先后主持军统的郑介民、毛人凤，完全秉承老蒋的意旨，对龙云的监视比之前严了许多。

老蒋到南京后，改组军事机构，设立“国防部”，以白崇禧为部长，陈诚为“参谋总长”。军事参议院随着军委会的撤销，也不复存在，老蒋为了安插那帮失势的元老，设立“战略顾问委员会”，以何应钦为主任，龙云等人为副主任，这样一来，龙云更是没有多少“公事”处理了。

有一次，龙云想去杭州散心，顺便去钱塘江观潮，就在他带着妻子准备动身时，白崇禧打来电话说：“志舟（龙云的字）兄，你还是留在南京不要出去为好。”

龙云说：“健生，这不是你的意思吧？”

白崇禧在电话那头苦笑说：“你去杭州又不碍我什么事，我这是奉命传话。”

龙云胳膊拧不过大腿，只得放弃出行的计划。龙云的次子龙绳武，原是滇军暂编24师师长，杜聿明发起“五华山事变”时，将暂编24师缴械遣散，龙绳武被免去师长职务，改任军委会少将高参。

1947年的一天，龙绳武去南京看望龙云，刚下火车就被一队宪兵不由分说的抓起来，关在夫子庙附近的宪兵司令部。

龙云得知龙绳武被抓后，到处找人求情，但无人敢出头。白崇禧看不过眼，给宪兵司令张镇打电话询问为何要抓龙绳武。

张镇支支吾吾，说不出所以然来，白崇禧说：“人都被关了快三个月，要是有罪早就审出来了，既然没查出什么，把人放了吧。”

白崇禧是陆军一级上将、“国防部长”，无正当理由抓人的张镇，只得卖个面子，答应放人。可即便是白崇禧出面，张镇还是又拖了近一个月，这才把龙绳武放出。从被抓到释放，期间三个多月，龙绳武自始至终都是一头雾水。

此事过去不久，龙云的女儿龙国壁，要从上海搭乘轮船去美国留学。龙云托了好几个人向老蒋传话，希望能送龙国壁去上海登船，但都没了下文。龙云只得和妻子送龙国壁到火车站，让她独自一人去上海。

到了1948年秋，龙云和南京地下党负责人暗中取得联系，想在地下党的帮助下，秘密前往上海，然后乘船前往山东解放区。这个计划刚要实施，因战事紧张，蒋军封锁了淞沪地区港口，对过往船只检查的很严，龙云只能放弃。

海路不通，陆路更不可能，龙云派亲信刘宗岳去见陈纳德，提出租用陈纳德航空公司的飞机。陈纳德在抗战期间，和龙云结下了深厚的友谊，他和刘宗岳多次商议后，制定了让龙云脱险的计划。

12月8日清晨，刘宗岳来到上海机场，和陈纳德的副手魏罗伯碰头后，乘坐一架C47运输机飞到了南京机场。南京机场已提前停了一辆航空公司的汽车，由魏罗伯驾驶，副座的刘宗岳带路，开到了龙云住所隔壁的街口。

上午十一点，龙云按照事前的约定，来到街口上了汽车，并在车上进行了简单的伪装。由于汽车有特殊牌照，在开回机场时，宪兵也没有检查，龙云很顺利的登上了飞机。

第二天，龙云出现在了香港，老蒋气急败坏，将毛人凤召来臭骂一通。昔日的“云南王”龙云，被软禁三年后，总算是龙游大海了。