慈禧太后的脖子上长了一个毒疮，御医们束手无策，连累及整个皇宫上下都笼罩在紧张的氛围中。一天早晨，乡村郎中禹会元被召入皇宫，他捉来了几只蚂蟥，放在慈禧的衣领里。慈禧感到痒想去挠，却被禹会元制止。
几天前，禹会元的医馆还很平静。突然，有几个豪华打扮的家丁敲门，语气蛮横：“我家主人病了，你必须立刻去诊治。”禹会元不卑不亢地拒绝了：“还有其他病人等着！”家丁恼怒威胁，却也奈何不得。几天后，宫里的太监李莲英亲自来请，禹会元知道这次不能再推脱了，只得跟去。
在慈禧的寝宫，禹会元看到，毒疮已经溃烂，恶臭扑鼻。他告诉慈禧需要特殊的药材，还得出宫采药。慈禧不太信任他，但还是准许了，并派李莲英随行。在一处稻田边，禹会元捉了许多蚂蟥，告诉李莲英这是治疗的“药引子”。
回到宫中，禹会元卸下慈禧颈上的纱布，小心翼翼地将蚂蟥置于毒疮上。慈禧感到一阵痒痛，想去抓，被禹会元厉声喝止。她强忍着不适，坚持让蚂蟥吸出淤血。
连续几日，禹会元以蚂蟥清毒疮，再加上特殊虫子处理伤口，慈禧最终痊愈，疼痛肿胀一扫而空，惊叹于他高超的医术。为表感激，慈禧赏赐禹会元，但被婉拒。禹会元只说行医旨在救人，不在功名利禄，随后便告辞离去。
最终，慈禧亲自提笔书写“御医圣手”赐予禹会元，同时特别允许他日后随时出入皇宫。多年之后，禹会元仍为百姓敬仰，被誉为“神医”，他的故事则超越了医术本身，更反映出一个人担当与良知的光辉。
