1365年，朱元璋瘫坐在龙椅上，心中既怒又忧。他视如己出的侄子，竟犯下“大逆”之罪，还与张士诚私通。这时，侍卫来报，朱文正已被押至南京，听候发落。

朱元璋心中五味杂陈，对外人他可以冷酷无情，但对亲人，血浓于水，他实在难以下手。思索良久，他决定先将朱文正软禁在桐城。

朱文正被软禁的原因诸多：骄横跋扈、不务正业、奸淫妇女，还与张士诚私下买盐，“僭越使用龙凤装饰”。其中，最让朱元璋无法容忍的是第四点，这分明是大逆不道，有谋反之心。

《剑桥中国史》中提到，朱文正之所以被杀，是因为他威胁到了朱元璋的地位与权力。朱文正洪都保卫战一战成名，身为大都督，总管天下兵马，又与朱元璋年龄相仿，有勇有谋，深受武将爱戴。朱元璋心中难免担忧，怕朱文正成为第二个“萧道成”。

但毕竟是亲侄子，朱元璋不想动他。只要他做事收敛，后半辈子荣华富贵享之不尽。然而，人心不足蛇吞象。朱文正因外人徐达、邓愈等人的封赏比自己高，心中不满，对朱元璋产生了怨恨。从此不听王令，愈发嚣张，甚至“僭越龙凤装饰”。

朱元璋从未想过杀朱文正，他担心是别人的诬陷，想亲自审问侄子。然而，这次“深夜审问”却成了朱文正的催命符。

面对李冰的举报，朱元璋半信半疑。朱文正被押至京城后，他想亲自审问，为侄子自证清白。审问中，朱元璋的强势与猜疑激怒了朱文正。他指着朱元璋的鼻子破口大骂，痛斥其赏罚不明，帮外不帮内，没有自己洪都之战的胜利，哪有朱元璋的今天。

朱元璋怒火中烧，拿起鞭子就往朱文正身上打。本是叔父教训侄子，却不料一时失手，竟将朱文正活活打死。事后，朱元璋内疚不已，让朱文正之子朱守谦继承靖江王位，世袭罔替，以作补偿。