1946年春，陈明仁率国民党71军进入东北。李明灏劝说陈明仁不要为蒋介石卖命，但当时的陈明仁仍执迷效忠。1947年6月，陈明仁率71军防守四平，战后因防守有功，升任第7兵团司令。 陈明仁升任兵团司令后，在派人前往长春筹备设立兵团司令部的同时，他自己则请了探亲假，回到湖南家乡酷陵探亲、祭祖扫墓。 这时，参谋总长陈诚来到东北接替熊式辉的东北行辕主任一职，陈诚到任不久，对东北国军将领开始大换血，同时向蒋介石建议取消东北保安司令这个机构。结果导致后来在上海养病的杜聿明莫名其妙丢失了职务，一直赋闲到了1948年徐州剿总设立时，才被蒋介石再次起用。 陈诚到了东北后，陈明仁遭殃了。国民党辽北省主席刘翰东向陈诚告陈明仁的状。说陈明仁嚣张跋扈，看不起辽北的官员，在四平之战中，将美军援助的粮食拿来构筑工事等等，刘翰东还借机将此事广为散布，导致美军军事顾问也向蒋介石提出抗议。 于是，陈诚决定拿陈明仁开刀，在报请蒋介石同意后，将陈明仁撤职查办。不过虽然撤职了，但是查办却没有进行下去，因为这个事情的处理实在是无法服众。后来在何应钦及其他黄埔一期将领的说情下，陈明仁被安排了一个总统府中将参军的闲职。 事实上，刘翰东属于恶人先告状，当时他在辽北私自囤积大量粮食，其中不少是美援物资，都被他据为己有，堆放在四平街火车站铁道两旁，这些粮食被炮火击后燃烧，损坏多半。四平战后，居民缺食，士兵缺粮，他们在烧毁的粮食堆中，将尚可食用的拿去食用, 陈明仁默认了此事，下令部队不要阻止，这就使得刘翰东囤积的粮食消耗殆尽，他自然怀恨在心，要置陈明仁于死地。刘翰东和陈诚是保定军校的同学，在陈诚的关照下他后来还成了东北行辕政务委员会委员，不过在1948年2月陈诚离开东北后，接替陈诚的卫立煌马上将刘翰东撤职。 这次免职对陈明仁打击极大，在南京赋闲期间，他脱去军装，穿上长袍，留着胡须，每天与儿孙们游玄武湖、灵谷寺、栖霞山、燕子矶、中山陵等地，他最喜欢到中山陵和廖仲恺的墓园，家人们常与他陪客人在那儿照像。这段时间里陈明仁由于心情不舒畅，还经常饮酒。他的酒量也是闻名的，一次饮一瓶贵州的茅台酒也不醉。有时到朋友家，高兴时喝得酩酊大醉而归，由副官背他下车。陈明仁酒风极好，醉酒后从不乱讲话，只是昏昏入睡。 1947年夏，李明灏（是陈明仁在广州讲武堂的老师）突然来到南京，住在陈明仁家中，李明灏劝说陈明仁要认清形势，不要再迷信蒋介石了，有机会争取回湖南与程颂公(程潜)共商保卫家乡的和平大计，此时的陈明仁清醒了，思想也趋于进步。 到了1948年夏，国民党军在各大战场不断溃败，先是一个师接一个师被解放军吃掉，到后来则是一个军接着一个军被吃掉。此时的蒋介石，又想起陈明仁这个能打仗的虎将了，他没有亲自出面，而是让西安绥靖公署主任胡宗南邀请陈明仁出山，胡宗南托人带来亲笔信及一大笔路费到陈明仁家中，陈明仁婉言拒绝。不久后，杜聿明出任徐州“剿总”副总司令兼第二兵团司令官，他亲自来到陈明仁家中，邀请陈明仁去第二兵团当副司令官，但是也被陈明仁拒绝了。 9月，华中“剿总”总司令白崇禧在征得蒋介石的同意后，让陈明仁到武汉就任华中"剿总"副总司令兼第一兵团司令官。 白崇禧起用陈明仁，一是因为陈明仁能打仗，曾在东北视察过军事的白崇禧对此有深刻印象，二是被免去兵团司令的陈明仁心中对蒋介石不满，因此白崇禧用着放心。 蒋介石很痛快地同意了白崇禧对陈明仁的任命提议，他认为陈明仁怎么说也是黄埔一期生，去华中也可以牵制白崇禧。但是，此时的陈明仁已经不再对蒋介石愚忠了，在李明灏、温汰沫以及刚由东北解放区被释放回来的陈明信（陈明仁的弟弟）的影响下，陈明仁思想发生了深刻的变化，他答应了白崇禧的邀请，于1948年10月到武汉重掌军权，暗地则和国民党湖南省主席程潜秘密联系，筹划湖南和平起义。 在陈明仁离开南京前往武汉任职前夕，蒋介石为笼络他，两次接见陈明仁。第一次见面，蒋介石先是安抚一番，接着问陈明仁在南京修的房子修好了没有。 陈明仁直言说：“这一年多来坐吃山空，佣人都被辞退了，哪有钱修房子。” 蒋介石面露尴尬，说：“没有钱怎么不早点告诉我？”接着，交待他的侍从送一笔钱给陈明仁以示慰抚。 在离开南京时，陈明仁又去向蒋介石辞行，刚到，就发觉蒋介石心情很不好，不知为了什么事正在发脾气，拿宋美龄养的狗出气，差点连茶杯也摔坏了。蒋介石见陈明仁来了，才改变面容，招呼陈明仁坐下，言语上又是勉励一番，最后叮嘱说：“到武汉白崇禧那儿后，要多与南京方面联系，你要以保卫四平街的精神，保卫武汉三镇。” 蒋介石这话就说得有点意思了，他让陈明仁拿出当年守四平的精神，当年四平陈明仁是守住了，可是却落了一个撤职查办的结果。蒋介石如此用人的方式，也是他失败的一个重要原因，不过就陈明仁而言，这反而促使他选择了光明。
