武德九年（626年）六月四日，秦琼参与玄武门之变，跟随秦王李世民射杀太子李建成及齐王李元吉。事后秦琼被任命为左武卫大将军，获得七百户的实封赏赐。贞观年间，秦琼经常生病养病，认为这是二百余战屡受重创的结果。贞观十二年（638年），秦琼去世，唐太宗李世民追赠其为徐州都督，陪葬昭陵，下令于秦琼坟墓前立石人马，用以表彰秦琼的战阵之功。次年，唐太宗李世民改封秦琼为胡国公。贞观十七年（643年），李世民命令阎立本为秦琼与长孙无忌、尉迟敬德、李靖等24名功臣画像，并悬挂于凌烟阁，史称秦琼等人为“凌烟阁二十四功臣”。
