鳌拜在多尔衮面前毫无地位，当年多尔衮和豪格争夺帝位的时候，鳌拜也想发言，但是被多尔衮骂道：“你算什么东西，这里商议事情，哪有你参与的份！”就把鳌拜轰了出去。 多尔衮掌握大权后，也没有忘记鳌拜，不时地找他麻烦。鳌拜几乎没有应付的能力，只能被动接受。 第一次发生在顺治元年，鳌拜跟随英亲王阿济格平定李自成后，阿济格没有及时回师，而且谎报军情，被处罚。阿济格非常不高兴，就称呼顺治皇帝为“孺子”，被举报到皇帝和多尔衮这里。 多尔衮要求鳌拜和另外一个大臣正黄旗都统谭泰一起去训斥阿济格。但是鳌拜和谭泰因为和阿济格的关系比较好，就没有执行这项命令。结果两人双双被罚，鳌拜平定李自成的功劳就被削掉，还被迫缴纳罚金。 其实阿济格和多尔衮是同母的亲兄弟。结果犯错的没有罚，鳌拜被处理了。 第二次发生在顺治五年整治豪格的时候。当时豪格平定张献忠大胜归来，非但没有奖励，还被下狱。有人看到多尔衮在收拾豪格，就检举当年皇太极死后，鳌拜和一干人等私下拥立肃亲王豪格的事情。在清初，讨论储君的事情是八旗议政王会议的权力，一个旗下的普通大臣是不能讨论的。鳌拜被论罪处死，但念其功大，革职为民。后来被顺治皇帝免除革职的处分。 第三次发生在顺治七年。当时多尔衮病重，贝子锡翰就请顺治皇帝去探病。多尔衮却又用“违令渎请”处罚了贝子锡翰，同时追究鳌拜未能阻止的罪名。鳌拜被论罪处死，后来被下狱待审查。直到当年的十一月，多尔衮去世，鳌拜才逃过一劫。 当时的另外一个重臣索尼，在给皇太极守墓.