罗卓英就任驻印军长官后，让孙立人拨二百个干部过来，见到来的人后，不满的说：“孙师长，我要的是干部，你派来的都是新兵蛋子，这不是故意为难吗？”
驻印军总部设立于1943年初，由史迪威兼任总指挥，罗卓英以副指挥的身份实际负责，对外以“长官”相称。
驻印军的基干部队是新一军，军长由第八军军长郑洞国调任，辖新22师、新38师，师长分别为廖耀湘、孙立人。
罗卓英到任后，想加强总部力量，成立一支辖三个团的直属部队，兵员的话，从国内招收新兵空运过来就行，可有经验的干部却不好找。于是，罗卓英将主意打到了新38师身上，让孙立人调二百个干部过来。
之所以不选廖耀湘的新22师，有三个主要原因。一是，新22师原属军委会第一支机械化部队第五军，属于老蒋很看重的一支部队，廖耀湘是黄埔六期生中，第一个担任主力师长的，加之有法国军校留学背景，属于黄埔生里的重点培养对象。基于此，罗卓英不会轻易削弱新22师的实力，一般不会从该师抽调干部。
二是，孙立人是清华大学、美国军校毕业的高材生，早年从军的部队是受老蒋猜忌的税警总团，即便是后来“中央军”化的新38师，骨干军官、老兵也大都是原税警总团出来的。在罗卓英这类老资格将领眼中，对新38师这支特殊的部队，内心是有天然排斥的。
三是，孙立人因其背景，和英美将领的关系大都处得不错，新38师也因此在装备上受到倾斜，强于新22师。在罗卓英看来，从新38师抽调干部，是平衡其和新22师力量对比的一种手段。
孙立人对罗卓英索要干部很是不满，将刚才国内空运过来，整训还不满一月的二百新兵派去。
当罗卓英气冲冲的质问时，孙立人说：“新兵运来了好几千，干部根本不够用，哪来多余的给总部调。”
罗卓英说：“那就调一百五十个老兵，五十个干部过来。”
孙立人说：“总部的警卫部队，又不承担一线作战，要什么老兵。不如这样，容等上几个月，这批新兵训练好后，我会从中挑二百人给你送来。”
罗卓英拂袖而去，回去后对郑洞国说：“这个孙立人，需要他给我训练新兵吗？我自己不会训练吗？”
过了段时间，罗卓英得知新38师多配属了一个重炮营，打电话给孙立人说：“你师超配了一个重炮营，该营应该划归总部直属。”
孙立人说：“这不叫超配，是我以私人关系向史迪威将军要来的，如果你非要，问史迪威去要吧。”
罗卓英气得挂了电话，在之后飞去重庆向老蒋汇报工作时，夸赞了廖耀湘，打了孙立人的小报告，说他“挟洋自重”。老蒋当时急需美援装备，对孙立人以私人关系要来重炮并不反感，反而认为应该利用孙立人在英美将领中的关系。这也就为后来，孙立人升任新一军军长，埋下了伏笔。
驻印军中，向老蒋打孙立人小报告的人不少，这让老蒋心中有了一个错误的印象，即“孙立人练兵是把好手，但打仗中规中矩，并不善战。”
1944年，随着驻印军规模的不断扩大，老蒋决定增加军级番号，以新22师为基干，加上配属的两个师，编为新六军，以廖耀湘为军长；以新38师为基干，加上配属的两个师，重新编组新一军，以孙立人为军长。
1946年，新一军、新六军和整编七十四师（原七十四军）、第五军（未参与第一批整编）、整编十一师（原十八军）被称为蒋军“五大主力”，就装备水平而言，新一军、新六军是强于其他三支部队的。
孙立人当上军长后，发生了一件事，引起了老蒋的猜忌。孙立人搭乘飞机去重庆述职时，因忘了携带装有法币的箱子，囊中空空之下，去向孔祥熙借钱。
孔祥熙大笔一挥，给孙立人开了一张五万元的支票，当时的五万法币，可是一大笔钱。此事被戴笠密报给老蒋后，本就和孔祥熙、宋子文关系微妙的老蒋，将孙立人打入了“难以信任”之列。
这里面还有一个细节，那就是孔祥熙给孙立人支票，军统是如何得知的？恐怕，孙立人一到重庆，就被军统的人暗中盯上了，戴笠和孙立人关系尚可，显然，戴笠也是奉命行事，其指使者只能是老蒋了。
抗战胜利后，新一军被调去东北，归保安司令长官杜聿明节制。杜聿明在东北先后指挥了七个主力军，其中和新一军军长孙立人、13军军长石觉的关系处得最僵。
孙立人和杜聿明不和，说法不一，就结果而言，是被夺去对新一军的指挥权，明升暗降的保安副长官。
及至陈诚取代熊式辉、杜聿明，主持东北军政，“土木系”二号人物罗卓英充当副手后，孙立人在东北也待不下去了，被调去南京任“陆军副总司令”。
孙立人这个副司令，主管训练，后被老蒋派去台湾编练新兵，看来他善于练兵的名声，让老蒋记在心中。
1955年5月，疑云重重的“孙立人兵变案”发生，老蒋将孙立人召来训话，两人说的很不愉快，老蒋气愤之下，抛出一句：“你对于部队训练很好，不过打仗不行。”
这是孙立人最后一次见老蒋，此后他被软禁家中，一关就是33年。对一个将军而言，“打仗不行”是很糟糕的评价，孙立人在晚年曾气愤的对探访的友人说：“他（指老蒋）不应该用打仗不行来故意羞辱我。”
