1949年3月23日上午，国民党南京卫戍司令张耀明对副司令覃异之说：“据保密局方面的情报，45军97师师长王晏清有通共嫌疑，请你约他来总部谈一谈。王晏清是陆大毕业 , 必须谨慎处理 , 如果搞错了 , 会影响高级军官的情绪。” 覃异之在当天中午就和王晏清进行了交谈，暗示起义已经泄露，让王晏清在谈话结束后找机会离开。 王晏清走后不久 , 覃异之接到京沪杭警备总司令汤恩伯打来的电话，汤恩伯命令卫戍总部将王晏清扣押。覃异之说：“王晏清已回师部，已电赵霞军长就近办理。” 放下电话后，覃异之马上出门去找王晏清。此时的王晏清还在门外找自己的汽车，覃异之说：“上边已下令抓你 , 要赶快逃走”。 当天晚上 , 王晏清与97师参谋长李宗琳及该289团团长杨救州，以奉命过江演习为名发起起义，率领八千余官兵来到江北江浦县的桥林镇。蒋介石得知后，连忙命令印发几万份传单用飞机散发，传单上说官兵返回原防者有重赏。由于王晏清提前仓促起义 , 加上这支部队是由蒋介石的嫡系警卫部队编成，所以大部分官兵又逃回了江南，到达解放区的只有王晏清及随从几百人。 王晏清起义虽然只带走了几百人， 但97师被称为蒋介石的“御林军”，该师的起义影响很大。蒋介石下令追查，97师隶属45军，军长赵霞也因此被撤职查办。 面对汤恩伯的追查，覃异之回答说：“谁也没有指示我要关押王晏清，我见他是总裁亲自任命的人，才叫他回家听候通知，随传随到。哪里会料到他会变节呢？”汤恩伯听了之后，倒也找不到处理覃异之的理由。 4月22日下午，南京卫戍司令部在接到汤恩伯全线撤退的命令 , 张耀明立即召开秘密会议。在会上，有人建议28军工兵营在撤退时破坏南京下关火车站及轮船港口码头。覃异之建议“暂缓执行”，并征得了张耀明的同意。当晚 , 解放军加紧进攻南京城外据点。 23 日清晨，李宗仁由明故宫飞机场登机飞往桂林。在送走李宗仁之后，上午11时左右，覃异之搭乘空军司令部的运输机离开南京，飞往上海。 覃异之从南京撤到上海之后，4月30日，汤恩伯告诉他：“明天蒋总裁要在吴淞口的军舰上开会，你要去参加。”覃异之一听到这个消息，觉得凶多吉少，心想自己在南京放了那么多人，现在去开会，怎么会有好果子吃呢？ 5月1日, 蒋介石召集汤恩伯等在上海的高级将领开会, 覃异之没有到会，请汤恩伯代他向蒋介石说明，他要去广西接家眷赴香港，再去台湾。 5月10 日 , 覃异之乘飞机经广州回到广西宜山九渡街老家，不久 ,他冲破特务的监视 , 趁大雨龙江水涨 , 夜晚乘船到了柳州，获得陈纳德的帮助 , 全家人坐上飞机抵达广州。6月初，覃异之携带家眷到了香港。 到香港不久，国民党陆军总司令关麟征从广州来到覃异之在香港的家中，关麟征是52军首任军长，覃异之的老上司，两人私交不错。关麟征在覃异之家中待了一周，整日劝说覃异之跟他回去，并许诺了职务。 关麟征给覃异之指出了两条道：一是去广州，并宣布任命覃异之为陆军副总司令；二是到台湾，担任陆军军官学校校长。但是，覃异之对这两条路都不感兴趣。 覃异之说：“我就在这里当个老百姓了，在香港养鸭子。” 这个回答让关麟征很生气，他说：“别说养鸭子，养鸡你也养不好。”说完扬长而去。 说来也奇怪，关麟征还真说对了，覃异之在香港郊区养的几百只鸭子，一下水，头一歪，就接连死了不少。鸭子养不下去了，就把剩下的鸭子送人了。 关麟征自己的日子其实也不好过，由于他和陈诚势同水火，所以在解放战争期间没有实际掌握过兵权，担任的都是黄埔军校教育长、校长之类的职务。直到1949年初，蒋介石下野后，代总统李宗仁想让关麟征取代顾祝同，担任参谋总长，但遭到在溪口遥控局势的蒋介石的反对，最后平衡之下，给了关麟征陆军总司令的头衔。 不得志的关麟征，在成都解放前夕，带着家人乘飞机去了香港，此后常住那里。1980年8月1日，关麟征病死在香港医院，消息传来，覃异之唏嘘不已。 1949年8月，覃异之与黄绍竑等通电起义，他担任香港起义第一组召集人。1949年12月，覃异之让家人们去了北京，他则继续留在香港，往返于香港、金门和台湾之间获取情报。1950年10月， 香港的国民党特务活动猖獗，并且有刺杀覃异之的计划，因此覃异之离开香港前往广州，不久之后去了北京和家人团聚。 到北京后，覃异之应傅作义的邀请，在水利部参事室工作，历任参事室副主任、主任等职务。1995年9月17日，覃异之因病逝世，享年88岁。 覃异之不抽烟、不喝酒、不喝茶，只喝白开水，对此他曾解释说：“年轻的时候，最流行的就是玻璃杯。蒋介石一开会没有别的杯，就是玻璃杯往那一放，一杯白开水。下面开会的人谁也不敢喝别的东西，于是我就习惯了不喝别的。”
